Nach zweijähriger Ausbildung wechseln die Knaben in den Chor II, den so genannten Repertoirechor. Im Chor II wird die Literatur komplexer. So werden hier die großen klassischen Chorwerke einstudiert, von den Motetten von Felix Mendelssohn-Bartholdy bis hin zur Missa Brevis von Benjamin Britten. Dieses Repertoire ist dann auch Bestandteil von Konzertaufführungen.
Parallel dazu vollzieht sich die Steigerung im stimmlichen Bereich bis hin zum Singen von Koloraturen. Erfahrene Chor-II-Sänger beherrschen bereits die eine oder andere Motette Johann Sebastian Bachs, die auch für den Übertritt in den Chor I beherrscht werden muss.
Im Repertoirechor ist es für jeden Knaben Pflicht, ein Instrument zu lernen, vorzugsweise eines, mit dem er sich auch selber beim Einstudieren der Stücke begleiten kann.